ミツトヨ企業年金基金は、会社と従業員(加入者)のそれぞれの代表で設立されている組織で、公法人として企業とは異なった法人格を与えられ、確定給付企業年金法及び規約に基づき運営されています。

基金の運営を民主的かつ適正に行うため、会社側と従業員側が同数ずつで構成した代議員会ならびに理事会などが設けられ、下図の組織のようになっており、理事の中から選出された常務理事を中心に基金事務局が各機関の窓口としての業務を行っています。